Потенційні протизапальні інгібітори транскрипції на основі андрографоліду проти субодиниці ядерного фактора NF-каппа-В p50.

PMID: 3 біотехнологія. Січень 2023;13(1):15. Epub 2022, 17 грудня. PMID: 36540414 Назва анотації: Потенційні протизапальні інгібітори транскрипції на основі андрографоліду проти ядерної субодиниці NF-каппа-B p50 (NF-κB p50): інтегрований молекулярний і квантово-механічний підхід. Анотація: БЕЗ МІТКИ: Нерегульована активація ядерного фактора-κB (NF-κB) є критичною подією в прогресуванні різних запальних захворювань, таких як виразковий коліт, астма, ревматоїдний артрит, бактеріальний гастрит тощо. Отже, блокування транскрипційної активності NF-κB є багатообіцяючою стратегією розробки протизапального засобу. У цьому дослідженні було використано інтегрований молекулярний і квантово-механічний підхід, щоб знайти новий потужний аналог на основі андрографоліду (AGP), який може інгібувати зв’язування ДНК з NF-κB p50 і проявляти протизапальну активність. Наш підхід включає множинне вирівнювання послідовностей, віртуальний скринінг, молекулярний докінг (білок-ліганд і білок-ДНК), сайт-спрямований мутагенез in silico, передбачення ADMET, DFT (HOMO, LUMO, HLG і енергія EPM) аналіз, MD моделювання та Оцінка MM/GBSA. Аналіз віртуального скринінгу 237 аналогів AGP дав п’ять провідних сполук на основі афінності зв’язування. Крім того, молекулярний інтерактивний докінг і ADMET-прогноз аналогів виявили, що Ana2 ((3Z,4S)-3-[2-[(4aR,6aS,7R,10aS,10bR)-3,3,6a,10b-tetramethyl-8-methylidene-1,4a,5,6,7,9,10,10a-octahydronaphtho[2,1-d][1,3]діоксин-7-іл]етіліден]-4-гідроксіоксолан-2-он) є найпотужнішою частиною, оскільки вона демонструє найсильнішу афінність зв’язування та кращі молекулярні/фармакокінетичні властивості. Більше того, DFT, моделювання MD та дослідження MM/GBSA підтвердили результати стикування та продемонстрували кращу хімічну та динамічну стабільність із найменшою вільною енергією зв’язку (- 29,99 ккал/моль) для Ana2. Дослідження сайт-спрямованого мутагенезу (Cys62Ala) встановлює важливість амінокислотного залишку Cys62 для зв’язувальної взаємодії та стабільності Ana2 з NF-κB p50. Загалом, ідентифікований інгібітор NF-κB p50 відкриває нові горизонти досліджень для розробки протизапальних препаратів рослинного походження для боротьби з прогресуючими запальними захворюваннями. ДОДАТКОВА ІНФОРМАЦІЯ: онлайн-версія містить додатковий матеріал, доступний за адресою 10.1007/s13205-022-03431 -9.

читати далі

Leave a Comment